Yüksək nəticə ilə Naxçıvan Dövlət Universitetinə qəbul olan tələbələr üçün xüsusi təqaüd proqramları tətbiq olunur. 

Universitetin mətbuat xidmətindən "Azərbaycan müəllimi"nə verilən məlumata görə, ən yüksək bal toplayan tələbələr aylıq 800 manatadək təqaüd imkanı əldə edirlər. 

Bu məbləğə Prezident təqaüdü (350 AZN), əlaçı təqaüdü (200 AZN), həmçinin yüksək bal toplayan abituriyentlər üçün nəzərdə tutulan əlavə təqaüdlər daxildir. Eləcə də universitetdə 650 və daha çox bal toplayan tələbələr 250 manat, 600-649 bal nəticə göstərənlər isə 200 manat məbləğində aylıq təqaüd ala bilərlər. 

Həmçinin 600-dən yuxarı bal toplayan tələbələr NDU-nun Tələbə Evindən ödənişsiz olaraq yararlanmaq imkanı əldə edirlər.
Ali təhsil ocağında Prezident təqaüdü ilə yanaşı, “Heydər Əliyev”, “Zərifə Əliyeva”, “Əziz Səncər”, “Üzeyir Hacıbəyov” və digər görkəmli şəxsiyyətlərin adını daşıyan, universitetin Elmi Şurası tərəfindən təsis edilmiş təqaüdlər də mövcuddur.

Eyni zamanda, valideyn himayəsindən məhrum olan tələbələr, şəhid ailəsi statusu olan tələbələr üçün isə xüsusi təqaüd əlavələri nəzərdə tutulur. 
Universitetdə məqsədli təqaüdlər də var. 500 baldan yuxarı nəticə göstərib müəllimlik ixtisasını seçənlərə “Gələcəyin müəllimi” təqaüdü təqdim edilir. Həmçinin sahibkar təqaüdləri, hüquqşünaslıq, stomatologiya və bir neçə başqa ixtisaslarda təhsil alan tələbələr üçün də xüsusi  təqaüdlər hər tədris ilində nəzərdə tutulur.
Qeyd edək ki, NDU-nun ümumilikdə 42 fərqli təqaüdü var.